深港脑科学创新研究院（简称“深港脑院”）是依托深圳先进技术研究院（以下简称“深圳先进院”）建设的非独立法人机构，是深圳市布局的基础研究机构之一，也是首家深港两地共同建设的深圳市基础研究机构。深港脑院于2019年1月授牌成立，香港科技大学校长叶玉如担任深港脑院名誉院长，深圳先进院脑所所长王立平研究员担任深港脑院院长。深港脑院由深圳先进院与香港科技大学共同牵头建设，其他共建单位包括南方科技大学、深圳大学、北京大学深圳研究生院。深港脑院将以国家重大需求、创新驱动发展为牵引，以解析大脑基本原理和脑疾病发病机制为核心目标，以多物种动物模型及脑结构和脑功能图谱解析建设为核心任务，汇聚粤港澳大湾区生物、医疗健康领域的科研与产业优势资源，建设成为在国际上具有重要影响力、在国内学术领域占据一席之地的脑科学基础研究及产业转化基地，助力深圳成为国家脑与类脑智能、生物医药领域创新驱动发展的中坚力量。
深港脑院面向国际前沿的脑健康与脑智能领域发展需求，重点布局了“认知的神经基础”“重大脑疾病机理”“重大脑疾病诊疗策略”和“脑科学研究新技术方法”四个研究方向，后在建设期进一步凝练形成了以解析大脑基本原理和脑疾病发病机制为核心目标，以多物种动物模型及脑结构和脑功能图谱解析建设为核心的研究方向。已设立脑图谱、脑智能、脑疾病、脑信息、脑转化、诺奖实验室等研究中心，其中包含深圳市首个神经科学领域的诺奖实验室。为支撑深港脑院的各项科研任务，拓展国内国际合作，已启用办公和实验用地面积超1.5万平方米，现拥有 15 个创新平台载体。在牵头3个专业委员会的基础上，作为发起单位成立了深圳市脑科学学会，旨在“以需求牵引的源头创新为指引，以‘共享、创新、服务’为路径，为疏通深圳脑科学基础研究、应用基础研究、临床研究和产业化连接的快车道，搭建好学术与技术交流的平台”。研究院成立至今聚集了包括中国科学院院士、加拿大皇家科学院院士、德国科学院院士及诺贝尔生理学或医学奖获得者等13人，国家杰青、长江、国家重点引进人才工程专家及“四青”人才等骨干超90人。
建设期间，深港脑院研究团队发表在国际顶级期刊的SCI论文超780篇，IF>10的高水平论文超150篇，申请专利1000余项，授权专利200余项。代表性成果包括：建立首个精准模拟家族性AD基因突变的猕猴模型；成功绘制出世界首例猕猴亚细胞尺度长程投射的介观大脑连接图谱；提出帕金森病新型神经调控疗法；首次揭示快速眼动睡眠参与本能恐惧反应的神经机制；基于血浆生物标志物的AD诊断分层模型的建立与应用；发现中国人群中阿尔兹海默症（AD）高风险基因和新型干预策略；发现了能调控成瘾记忆形成和维持功能的神经通路的全新功能。这些代表性成果在Nature Biotechnology等国际学术期刊上发表，受到领域内国际和国内同行的密切关注。
2021年末，香港科技大学、中国科学院深圳先进技术研究院联合攻关的《新型全脑基因编辑系统治疗阿尔茨海默症》项目入选中国神经科学学会——2021年度“中国神经科学重大进展”，成为粤港澳大湾区首次获得科技奖励的项目。2022年6月30日，习近平总书记还听取了叶玉如院士研究团队在阿尔茨海默病诊断治疗等方面取得的成绩。2023年团队攻关的《提出帕金森病新型神经调控疗法》项目再次获得中国神经科学年度重大进展，成为粤港澳大湾区第二个获得科技奖励的项目，同时该项目获评为2023 “中国生命科学十大进展”。
未来，深港脑院将继续发挥深港两地的优势，进一步推动深港在脑科学领域更高、更深、更广的合作，加强基础研究源头创新，强化产学研创新协同，创造更多引领世界潮流的科技成果，打造深港科技合作的新示范和脑科学领域的全球创新高地。